Les membres du Comité sont nommés pour une période de quatre ans non renouvelable. Leur mandat est incompatible avec la fonction de chef d'établissement, ainsi qu'avec la qualité de président de section du Conseil national des universités ou du Comité national de la recherche scientifique, ainsi que de membres du Conseil national de l'enseignement supérieur et de la recherche et du Conseil supérieur de la recherche et de la technologie.

Ils sont renouvelés par moitié tous les deux ans.

Un secrétariat général est mis à disposition du comité par le ministre chargé de l'enseignement supérieur. Il comprend actuellement vingt-neuf agents. Il est dirigé par un délégué général éventuellement assisté d'un adjoint, placés sous l'autorité du président du Comité et nommés sur sa proposition par le ministre chargé de l'enseignement supérieur. Le président du Comité peut leur déléguer sa signature.

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