Dans le souci de rendre ses rapports plus utiles aux établissements, le Comité national d'évaluation fonde désormais sa programmation des évaluations sur le calendrier de la contractualisation menée par le ministère. Ainsi, chaque campagne d'évaluations d'établissements ouverte par le Comité national d'évaluation relève explicitement d'une des quatre vagues de contractualisation (A à D). Ceci étant, et compte tenu du fait que, dans l'état actuel des ressources humaines affectées au secrétariat général, il n'est pas envisageable d'entreprendre l'évaluation d'une vague entière de contrats, le Comité national d'évaluation vise aussi à travailler sur des cohérences académiques et choisit les académies où se trouvent les établissements dont l'évaluation est la plus ancienne.
En 2005, 50 universités auront franchi le cap des 2 évaluations. La période qui sépare 2 évaluations est elle-même très variable de 4 ans à près de 17 ans avec une valeur moyenne de l'ordre de 10 ans. Ce trop long intervalle est actuellement en train de se resserrer puisuqe la moitié des établissements ont été évalués depuis moins de 7 ans.


Les programmes d'évaluation de 2005-2006
Ils concernent certains établissements de la vague contractuelle A et plus spécifiquement les universités bordelaises.
L'Université Bordeaux I - Sciences technologies et les écoles rattachées par décret ENSEIRB - ENSCPB
L'Université Victor Segalen - Bordeaux II
L'Université Michel de Montaigne - Bordeaux III
L'Université Montesquieu - Bordeaux IV

Les programmes d'évaluation de 2003-2005
Ils concernent majoritairement les établissements situés en région parisienne (vague C et D). La liste des programmes d'évaluation 2004-2005.

La situation de l’évaluation dans ce grand ensemble parisien appelle les remarques suivantes :
– un certain nombre d’EPSCP qui comptent dans le panorama de l’enseignement supérieur national n’ont jamais fait l’objet d’évaluation par le CNE : l’IEP de Paris, l’Institut de physique du globe, l’EHESS, l’EPHE, l’Observatoire de Paris, l’ENS de Cachan... et même, hors contractualisation, le Collège de France ;
– certaines évaluations sont relativement anciennes et justifieraient une actualisation : Paris VII (1988), Paris VIII (1988), Paris XI (1989), ENS Paris (1990), Paris XII (1990), Paris III (1991), INALCO (1991), Paris X (1991)...
– les universités nouvelles ont connu, depuis les rapports parus en 1996, des évolutions telles que l’évaluation d’alors a perdu beaucoup de sa pertinence ;
– les choix de répartition des étudiants sur les différents sites, notamment en 1er cycle, posent sans doute un certain nombre de problèmes aux établissements et entraînent des changements de l’offre de formation qu’il conviendrait d’analyser ;
– la géographie éclatée des sites conduit à dépasser l’évaluation des établissements pris séparément. Il en serait ainsi de la formation des maîtres (les IUFM d’Île-de-France font partie de la vague contractuelle A), des pôles de recherche, qui s’affirment progressivement avec la réalisation du contrat de plan État-région, et de leur influence sur la politique de formation ;
– enfin, voudrait-on seulement chercher à évaluer les cohérences thématiques, les complémentarités ou les partenariats qu’il faudrait envisager des évaluations conjointes de Paris I, II, X ou Paris III, IV, ou Paris VI, VII, XI, établissements qui n’appartiennent pas tous à la même vague contractuelle.
Il y a donc à mettre en place, pour l’Île-de-France, une stratégie spécifique de l’évaluation, qui ne peut se calquer strictement sur les vagues contractuelles et sur des établissements individualisés.

Des établissements de l'Académie de Nancy-Metz sont également évalués :
L'Université Henri Poincaré - Nancy I
L'Université Nancy II
L'Institut national polytechnique de Lorraine
L'Institut universitaire de formation des maîtres de Lorraine
L'Université de Metz
L'ENI de Metz

Toutes ces évaluations s'appuieront sur la nouvelle approche méthodologique du Comité national d'évaluation à partir du Livre des références.